主线剧情
在终结谷之战中,宇智波斑战胜了千手柱间,成为火影;泉奈也用天照重伤千手扉间。千手扉间死前将飞雷神等禁术传授给千手柱间。宇智波斑本以为以一只眼睛被弄瞎的代价杀死了千手柱间,其实柱间顺走了写轮眼,开始躲在暗处。
宇智波泉奈在与金角银角的战斗中使用须佐能乎消耗过度,阵亡。
柱间想用木遁配合阳遁造一只木人军队,恢复千手一族的荣光。在一次木遁实验中,他意外地发现了地底下钻出许多白绝,为首的是一只漩涡脸的白绝。漩涡脸白绝自称是柱间的意志,帮助柱间开启了轮回眼。死前,柱间发现了三个战争孤儿-我爱罗,手鞠,勘九郎,并将轮回眼移植给勘九郎。
为了让后人继承自己的意志,他暗中实施了一系列计谋。他试图将野原琳改造成人柱力,宇智波富岳班的带土却忍痛杀死了琳。卡卡西见到了世界的阴暗。后来卡卡西濒死,将木叶白牙的祖传神刀交给带土,“我快要死了,但是,还能成为你手中的刀继续为木叶而战。”
柱间救下了卡卡西,给他移植了白绝身体,交给他木遁秘术。从此他化身面罩男,以柱间的名义行走忍界。
风影村与木叶村的战争中,木叶白牙杀死了四代风影。手鞠不忍见到乱世战争的局面,创立了晓组织。千代婆婆不能包容晓组织的发展壮大,逼迫勘九郎杀死手鞠。手鞠撞上手里剑,满足地死去。勘九郎的轮回眼爆发,消耗了大量生命力,击退了千代婆婆,逃到雨隐村,利用自己高超的傀儡术制造了六道佩恩。
志村团藏一心除掉木叶漩涡,波风,千手等家族的势力。他派出暗部的波风面麻。波风面麻见到波风水门与玖辛奈跪在家中,说“面麻是温柔的孩子,这是你自己选择的道路。鸣人就交给你了。”面麻痛苦不已,后来成为了木叶的叛忍。面麻与卡卡西几乎消灭了几大家族。
卡卡西用木遁操控九尾袭击木叶村。宇智波富岳大战面罩男柱间,最后与宇智波美琴双双牺牲,将九尾封印到佐助的体内。
佐助与鸣人,春野樱成为了宇智波带土班的学生。与他们一起的还有木叶小强们。其中有猪鹿蝶组合。野猪-丁次,有着与外貌符合的外号,擅长影子忍术,可以凭借自己的怪力与影子操控敌人。蝶-井野,同样因外貌得名,拥有能大大提升战斗力的蝶化术。鹿-鹿丸,擅长攻心,有心转身之术等秘技。
在中忍考试,佐助,鸣人,小樱遇见了强大的对手与战友-砂隐村的傀儡师蝎,一尾人柱力长门等人。此时,木叶村的危机已经来临--叛忍纲手、静音归来。
纲手在灭族后隐藏姓氏,暗中研究泉奈留下的秽土转生,蛇通灵术与附身术。她与蛙仙人自来也,蛞蝓医生大蛇丸大战千代婆婆,得到了三忍名号。
大战一触即发。团藏见到了久别的弟子纲手。纲手拉开脸,露出男人的相貌。他惊诧到自己的弟子竟然有如此惨无人道的禁术。纲手召唤了一二代火影斑和泉奈。团藏与貘艰难应战。泉奈使出了幻术-月读。在一片幻境中,团藏做出来决定。他对纲手说道,“这是你从未见过的秘术。”团藏以里四象封印吞噬了一二代火影。他即将封印纲手之时,看到的确是纲手那张稚嫩的脸。他心软了,仅仅封印了纲手一双手。
“只要有树叶飞舞的地方,火就会燃烧。“团藏牺牲了。
鸣人跟随纲手训练风遁,进展神速。谁知,纲手觊觎鸣人和面麻查克拉巨量的身体已久。她正准备占据鸣人的肉体,鸣人立即用与面麻一脉相承的螺旋丸反击,杀死了纲手。静音带着纲手剩余的禁术产物逃遁。鸣人为追寻哥哥面麻的脚步,加入晓成为叛忍。
在雾隐村,面罩男柱间用木遁植入细胞操控了水影鬼鲛,从此雾隐村笼罩着一片血雾。叛忍矢仓加入晓。面罩男与勘九郎要求抓捕三尾-鬼鲛。在此次战斗中,矢仓与面麻齐心协力。其实矢仓是面罩男设下监视面麻的间谍,他们却阴差阳错成为了生死相伴的搭档。
鸣人在当年灭族的遗迹见到了久别的面麻。面麻大笑,”我愚蠢的弟弟呦,你终于来了。“两人用螺旋丸大战,面麻却使出了新的招式-风遁手里剑。他几乎战胜了弟弟,身体却支撑不起风刃对自己身体的切割。“只要是人都是依靠自己的知识与认知并且被之束缚生活着的,那就叫做现实。但是知识与认知是模糊不清的东西,现实也许只是镜花水月,人都是活在自己的执念中的。”他吐血而死,将飞雷神咒符留给了鸣人。
岩隐村大野木的弟子迪达拉为追求创造一切的艺术,潜心学习土遁。而黑土却脾气暴躁,用泥水遁术四处破坏,被逐出村子后加入了晓,追随勘九郎,“我的艺术就是熔遁的奥义,和大叔那种让人吃惊的人偶喜剧从根本上就是不同”。她在砂隐村与雨隐村交界处实施抓捕一尾长门的任务。长门为守护村子,被抓捕后抽出尾兽。此后,山椒鱼半藏以己生转生复活了长门。
自来也知晓勘九郎准备抓捕佐助体内的九尾。他让佐助留在妙木山,只身一人前往雨隐村。
我爱罗乘着沙子,飞到了自来也的头顶,向自己当年的老师宣告,”佩恩是这里的神。”转瞬间,自来也以法针千本击落我爱罗。随后,他见到了那一对象征着命运之子的眼睛。他第一次与这般强敌交战,也是最后一次。死前,他目睹佩恩傀儡一个个重新站起来,为首的是手鞠。“手鞠,你拿了勘九郎的轮回眼吗?”他如梦初醒,将情报交给木叶,沉入海底。
木叶众人与佩恩苦战。带土连用神威力竭而死,木叶村血流成河。佩恩恶狠狠地盯着大蛇丸的眼睛,“让世界感受痛楚!”一举踏平木叶。此时佐助犹如神兵天降,以新学会的仙术查克拉须佐能乎连战四道佩恩。天道佩恩却一转攻势,将佐助插在地上。他看着一旁守护他的雏田,中二之魂熊熊燃烧。
佐助觉察出天道的秘密,他再次用处了自己的独门秘技-多重狮子连弹,一举击败天道。
我爱罗带着勘九郎和手鞠的遗体,准备用沙子埋葬他们。面罩男突然杀出。我爱罗早有防备,“我知道你的刀法的破绽。六千亿吨砂石!”面罩男有些慌张,“可恶,神速刀法在沙子中无处施展。”
一刹那。沙子凭空消失。面罩男身上的飞雷神术式也逐渐暗淡。我爱罗倒在血泊中,被染红的沙子随风飘回他们当年和自来也一起住的屋子。
猿飞日斩蓄谋已久,用黑暗行之术逼迫三船认可自己成为火影。面对大闹会场的鸣人,他波澜不惊,揭开了缠身的纱布,竟然是一胳膊的飞雷神术式咒符。鸣人用多重影分身将日斩包围,却发现自己的分身在快速减少-猿魔正用金箍棒在分身堆里一阵乱敲。猿魔以为自己敲中了猿魔,谁知那是一个风遁分身,将猿魔吹上了天。鸣人用手里剑射向日斩,他却忽然消失不见,从旁边瞬间出现。
日斩发现了在一旁观战已久的柱间。他的黑暗行之术还不能使用,而自己已经没有选择的余地了。
“你是沐浴着阳光的木之叶,而我是埋在黑暗中的根。尸鬼封尽!”
面罩男身上忽然散发出剑气,像一阵风般带走了鸣人。